Die Allaine entspringt oberhalb von Charmoille im Jura und fliesst als sehr kleiner Wiesenbach bis auf die Höhe von Porrentruy. Fischereilich wird der Bach erst unterhalb von Pruntrut interessant. Der Fluss ist rund 65km lang und mündet in Frankreich in den Doubs.
Obwohl kaum 10 Meter breit, beherbergt die Allaine schöne Forellen, die aber auf Grund der Kleinheit des Gewässers sehr heikel zu befischen sind. Trotzdem werden hier immer wieder mal Forellen um die 50 cm gefangen! Die Allaine hat viele Kurven mit tiefen ausgewaschenen Ufern, die ideale Verstecke für die Forellen darstellen. Viele Jurassier befischen die Forellen mit der toten Elritze am System, was natürlich dem Forellenbestand schon arg zusetzen kann. Die Fliegenfischerei an diesem Flüsschen kann richtig Spass machen. Die Insektenwelt ist üppig und es finden manchmal schöne Schlüpfe statt. Der Fluss und seine Bewohner sind jedoch launisch und so ist der Fang der Forellen nicht so einfach! Sowohl mit CDC-Mustern oder dann mit Nymphen ist ein erfolgreiches Befischen der Läufe möglich.
Leider ist auch dieser Fluss in der Vergangenheit immer wieder mal von kleineren Gewässerverschmutzungen nicht verschont geblieben und so ist auch der Fischbestand schwankend. Es kommen neben der Bachforelle auch Aeschen, Barben, Alet und vereinzelt auch Hechte vor.